中国水产科学研究院作为国家级专业水产科学研究机构，担负着全国渔业重大基础、应用研究和高新技术产业开发研究的任务，在解决渔业及渔业经济建设中基础性、方向性、全局性、关键性重大科技问题，以及科技兴渔、培养高层次科研人才、开展国内外渔业科技交流与合作等方面发挥着重要的作用。

全院现有海区研究所3个、流域研究所4个、专业研究所2个、增殖实验站4个及院部共14个单位，与地方共建了5个研究机构，分布在全国的12个省、市。截至2016年末，全院在职职工2833人。科技人员中，拥有高级专业技术人员743人；拥有中国工程院院士2人，国家级、部级有突出贡献专家30人，享有政府特殊津贴专家25人，“新世纪百千万人才工程”国家级人选8名，农业科研杰出人才22名。

全院共有国家实验室1个（共建）、国家地方联合工程实验室1个、国际参考实验室2个、国际联合实验室7个、农业部重点实验室11个、部级科学观测实验站9个、省级重点实验室6个、省级工程技术研究中心（工程实验室）7个、国家级质量检测中心2个。拥有国际水产培训中心2个，科研实验及中试基地37个，拥有“北斗号”和“南锋号”2艘千吨级海洋科学调查船。

全院以占全国水产科研单位20%左右的科技人员，获国家和农业部奖的成果数量占全国水产行业的50%以上。全院已与世界上70多个国家和国际组织的有关单位建立了密切的合作关系，为100多个国家和地区培训了2000多名高级水产技术和管理人才。